Faculty Opinions recommendation of Transcriptionally active HERV-H retrotransposons demarcate topologically associating domains in human pluripotent stem cells.
Notice bibliographique
Résumé
designed and supervised the experiments, analysis, and data interpretation.Y.Z.implemented the analysis pipeline and analyzed all sequencing datasets, interpreted the results, designed the experiments for HERV-H functional studies.T.L. generated the CRISPR-Cas9-edited cell lines for HERV-H functional studies, performed differentiation and qPCR of the corresponding cell lines.S.P. performed the Hi-C experiments for all stages of cardiomyocyte differentiation and helped with interpretation of the results.M.A. analyzed the HERV-H knock-in data with help from Y.Q.regarding allelic analysis.J.G. and E.N.F.performed cell culture, differentiation and collected cells for Hi-C, ChIP-seq and RNA-seq assays.E.D. contributed to analysis and interpretation of the ChIPseq data.R.H. performed the Hi-C experiments for HERV-H knock-out, CRISPRi, HERV-H knock-in and primate iPSC cell lines.ChIP-seq experiments were performed by A.Y.L. (H3K27ac), S.C. (CTCF), Q.Z. and H.H. (SMC3).Y.Q. and R.F. helped with the analysis of Hi-C datasets.K.M. helped with the genome editing experiments.L.Y., J.C.I.B. and J.W. cultured and prepared non-human primate iPSCs for sequencing and interpreted data.Z.Y. performed the RNA-seq experiments.S.M.E.helped with interpretation of the results.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,064 | 0,052 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».