Clinical and microbiological characteristics of Cryptococcus gattii isolated from China
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Infection, even outbreak, caused by Cryptococcus gattii (C. gattii ) has been reported in Canada and the United States, but there were sparsely-reported cases of C. gattii in China. Our interest in occurrence, clinical manifestation, laboratory identification and molecular characterization of Chinese C. gattii strains leads us to this research. Methods: A total of 254 clinical isolates primarily identified as Cryptococcus neoformans (C. neoformans ) were collected. VITEK 2 compact, canavanine glycine bromothymol blue (CGB) agar and Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) were used for strain identification. Multi-locus sequence typing (MLST) was performed for genotyping. Antifungal susceptibility test was carried out with commercial kits of both ATB fungus 3 and Yeast one. Clinical information of patients was reviewed retrospectively. Label-free proteome technique was used to quantitatively analyze the differential proteins of C. gattii. Results: Out of 254 clinical isolates, we identified eight strains as C. gattii. MLST showed genotype VGI accounted for the most (6 / 8), the other two strains were genotype VGII（VGIIa and VGIIb respectively）with 3 specific spectra of molecular weight about 4342, 8686, 9611 Dalton by MALDI-TOF MS. The minimal inhibitory concentrations (MICs) of Fluconazole with Yeast one was 2～4 times higher than that with ATB fungus 3. Higher MICs of antifungal agents were exhibited against VGII strains than against VGI strains. C. gattii genotype VGII and VGI possessed 418 and 774 specific proteins respectively. Comparative proteome analysis showed that 180 proteins were highly expressed in C. gattii VGII and 329 proteins were highly expressed in C. gattii VGI. The enrichment of differentially expressed proteins between VGII and VGI was directed to Golgi complex.Conclusions: Infection by C. gattii in China might have been underestimated because of initial mis-identification. Genotype VGI was predominant but VGII was more resistant to antifungal agents. There was significant difference in protein expression profile between VGII and VGI C. gattii.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».