Abstract 4531: SWATH-MS profiling identifies prognostic factors for progression-free survival (PFS) In INTEGRATE - A randomized phase II double-blind placebo-controlled study of regorafenib in refractory advanced oesophagogastric cancer (AOGC) - A study by the Australasian Gastrointestinal Trials Group (AGITG)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Gastric cancer is one of the most common cancers worldwide, and a leading cause of cancer death. Advanced OesophagoGastric cancer (AOGC) has a poor prognosis despite treatment. The P2 INTEGRATE multinational 2:1 (active:placebo) randomized trial demonstrated the activity, on progression-free survival (PFS), of the oral multikinase inhibitor regorafenib (REG) in patients (pts) with refractory AOGC (Pavlakis et al JCO 2016), leading to the P3 INTEGRATE II trial (NCT02773524) currently underway. Here, we sought to identify prognostic protein biomarkers in a discovery analysis of a patient subset from INTEGRATE I. Methods: The discovery analysis set comprised of 40 INTEGRATE I patients (12 placebo; 28 REG) selected using stratified random sampling based on quartiles of observed PFS within each arm of allocation, half from 1st quartile (worst PFS outcome) and half from 4th quartile (best PFS outcome). We profiled the plasma proteome of INTEGRATE pts using data-independent acquisition of liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (SWATH-MS acquisition). Plasma collected at baseline (10µl) was analyzed with TripleTOF 6600 System (SCIEX, MA, USA). Data was searched against an “extended” spectral library generated using SwathXtendsoftware (Wu et al MCP 2016). Cox proportional hazard regression was used to assess the prognostic value of log2 protein expression level adjusted for treatment allocation. Results: 437 proteins were identified across all 40 pt samples (>99% peptide confidence). A subset of 27 proteins were identified as candidates for possible further investigation using the verification analysis set on the basis of having p-values <0.05 (no p-value was significant after adjustment for multiple comparisons). These proteins were associated with (i) the immune system, including multiple immunoglobulin variable heavy and light chains, and proteins involved in complement activation (C09, C08G, C4BPA and C05 and others) and two serpins that regulate the acute phase response and promote cancer cell survival (AACT and A1AT); (ii) blood coagulation and angiogenesis (THBS1/PROS1/FBLN1 and others), also instrumental in tumor progression. Other proteins are known to promote local cancer cell adhesion, invasion and distant metastasis. Conclusions: This is the first time that SWATH has been used to analyse AOGC pt samples, an otherwise challenging biofluid (undepleted plasma) for profiling. These proteins could represent a novel prognostic signature for PFS in AOGC patients, pending validation in the larger verification data set. This work highlights the potential value of incorporating proteomics into risk assessments guiding treatment strategies for patients. Citation Format: Sarah A. Hayes, Andrew Martin, Sonia Yip, Viive M. Howell, Katrin M. Sjoquist, Eric Tsobanis, Yoon-Koo Kang, Yung-Jue Bang, Thierry Alcindor, Christopher J. O'Callaghan, Niall C. Tebbutt, John Simes, David Goldstein, Nick Pavlakis. SWATH-MS profiling identifies prognostic factors for progression-free survival (PFS) In INTEGRATE - A randomized phase II double-blind placebo-controlled study of regorafenib in refractory advanced oesophagogastric cancer (AOGC) - A study by the Australasian Gastrointestinal Trials Group (AGITG) [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2019; 2019 Mar 29-Apr 3; Atlanta, GA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2019;79(13 Suppl):Abstract nr 4531.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».