Genomic analyses identify gene candidates for acquired irinotecan resistance in melanoma cells
Notice bibliographique
Résumé
Efficacy of camptothecins (CPTs) such as irinotecan has been recognized in chemotherapy of cancers including melanoma. However, the majority of responding patients will gradually acquire drug resistance. Little is known of the genes responsible for the acquired CPT-resistance in cancer. To gain global insight into acquired CPT-resistance, we established irinotecan-resistant clones derived from melanoma cells and compared their whole genomes by high resolution array-CGH. A novel gain at 14q23.2-31.1 was revealed by alignment of whole genome profiles of parental cell line and irinotecan-resistant clones. Further analysis of this amplicon indicates that it encompassed genes involved in DNA repair (RAD51L, MLH3), reactive oxygen species (GPX2, CSTZ1, NGB, RDH11, ZADH1), and transportome (ABCD4, ATP6V1D, SLC10A6). Moreover, losses were also detected at the loci of topoisomerases (TOP1, SPO11, TOP3B) as well as at the loci of genes guarding chromosomal stability (TP53, ZW10, H2AFX, CHK1, CCDN1, MCM5, CENPB, DNMT3B), which would facilitate the development of drug resistance. Furthermore, quantitative real-time PCR demonstrated that mRNA changes of selected novel genes (CENPB, H2AFX, MCM5, ZADH1 and NGB) in irinotecan-resistant clones vs. parental clone were in agreement with array-CGH results. Taken together, our data suggest that genes involved in genome stability may greatly contribute to the development of CPTs-resistance. In addition, genes located at 14q23.3-31.1 would be promising targets to overcome acquired CPT-resistance in melanoma.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».