The CRISPR-Cas Immune System and Genetic Transfers: Reaching an Equilibrium
Notice bibliographique
Résumé
In 1987 Ishino et al. (1) sequenced the Escherichia coli alkaline phosphatase isozyme conversion gene (iap). Downstream of iap, they observed an array of short repeats (29 nucleotides) separated by nonrepetitive short sequences (spacers) (2). The terms “CRISPR,” for clustered regularly interspaced short palindromic repeats, and “Cas,” for CRISPR-associated genes, were first coined by Jansen et al. (3) in 2002 to describe the genetic structure of these loci. The increasing availability of genomic sequences in databases allowed Mojica et al. (4) to identify CRISPR as a specific family of repeats. Now we know that CRISPR-Cas systems are found in approximately 90% of archaeal and 40% of eubacterial sequenced genomes (5 – 7). In 2005, three groups independently reported similarities between spacer sequences and foreign mobile genetic elements (MGEs) such as phages and plasmids (8 – 10). These observations led to several hypotheses including that CRISPR-Cas systems may play a role in immunity and protect archaeal and bacterial cells from invasion by foreign DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,004 |
| Communication savante | 0,002 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».