Characterization of the active site of Methionine γ-Lyase from Trichomonas vaginalis
Notice bibliographique
Résumé
Resistance to, metronidazole and tinidazole, the drugs currently prescribed for the treatment of trichomoniasis, an infection of the genito-urinary tract of humans by the protozoan Trichomonas vaginalis, has created a need for the development of therapeutics with a different mode of action.Trifluoromethionine (TFM) has been proposed as a potential novel antiinfective prodrug that is activated by the enzyme methionine γ-lyase (MGL), which is present in T. vaginalis but not in the cells of the human host.The presence of closely related enzymes, such as cystathionine γ-lyase, in humans necessitates the development of TFM derivatives that are highly selective for TvMGL so that activation of the prodrug will be limited to the parasitic cells.An essential step in the development of selective TFM-based prodrugs is mapping of the TvMGL active site to identify the residues that participate in substrate binding and catalysis, particularly compared to related human enzymes.Therefore, the primary goal of this thesis was to determine the effect of a set of 9 site-directed variants of key active-site residues on the steady state kinetic parameters of TvMGL.As a prerequisite to this study, an affinity purification protocol and continuous assays for the methionine, homocysteine and cysteine hydrolysis activities of TvMGL were developed.The Y56F, R58A, Y111F, S338A, R373A and R373K variants of TvMGL lack detectable methionine and homocysteine hydrolysis activity and the turnover rate of the I55A and D239A variants is reduced up to 14-fold, while that of L339A is within 2-fold of the wild-type TvMGL enzyme.Roles for residue R373 in binding the α-carboxylate group of the substrate and for I55 in hydrophobic packing with iii the nonpolar side chain of the substrate are proposed.Residues Y56 and R58 are expected to anchor and position the PLP cofactor, through interaction with the phosphate moiety.Residue S338 may guide the catalytic lysine and Y111 is proposed to play a role in proton transfer, guided by interaction with R58, in the context of the α,γ-elimination reaction catalyzed by TvMGL.These results further our understanding of the substrate-binding surface of the TvMGL active site, information that will assist in the development of selective TFMbased prodrugs for the treatment of trichomoniasis. AATAspartate aminotransferase
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».