Investigating the effects of expressing APE1 human population variants in cellular systems.
Notice bibliographique
Résumé
Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 (APE1) is a multi-functional mammalian protein which has recently been shown to possess the ability to endonucleolytically cleave single-stranded RNA and abasic RNA. Several population variants of APE1 (L104R, E126D and D148E) are known to exist in the human population. L104R and E126D have been linked to Amyotrophic Lateral Sclerosis while D148E has been linked to various cancers. The exact molecular mechanisms which correlate these variants with human disease are currently unknown. Recent evidence has shown that the in vitro endoribonuclease activities of these variants are different from the wild-type APE1 protein. Here, we hypothesize that the altered endoribonuclease activity of APE1 population variants may be associated with phenotype changes leading to disease pathogenesis. The goal of this thesis was to determine whether APE1 population variants can cause an altered phenotype when expressed in prokaryotic (Origami™ (DE3) cells) and eukaryotic systems (HeLa cervical cancer and HepG2 hepatoma cancer cell lines). Subsequently, these changes were to be linked to altered endoribonuclease activity of these variants. Using two separate assays, it was shown that the L104R and E126D variants possess enhanced cytotoxicity to Origami™ (DE3) cells. This correlates with their distinct endoribonuclease activity demonstrated in vitro. The D148E variant, which had lost endoribonuclease activity, had no effect on colony formation and growth of Origami™(DE3) cells. Interestingly, this study also showed that, when over-expressed, the L104R and E126D variants are capable of causing enhanced growth in the mammalian HepG2 cells. Preliminary microarray and quantitative real time polymerase chain reaction experiments were conducted in an attempt to understand the mechanism for the L104R-induced cell growth in HepG2 cells. Unfortunately, the results were inconclusive. In summary, this thesis has demonstrated a solid correlation between having distinct endoribonuclease act
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».