Proteomic Profiling of the Brassicaceae and Poaceae Mature Stigma
Notice bibliographique
Résumé
The stigma, the specialized apex of the gynoecium plays a critical role in pollen capture, discrimination, hydration, germination, and guidance.Species of the Brassicaceae and Poaceae possess dry stigmas as opposed to the wet stigmas found for example in the Solanaceae and Liliaceae.The global proteome underlying stigma development and function remains largely unknown.A total of 2184 and 2275 proteins were identified in triticale and B. napus mature stigma respectively using a combination of 1D SDS PAGE LC-MS/MS, 2D IEF/SDS PAGE LC-MS/MS and OFFGEL Electrophoresis (OGE) LC-MS/MS.Two search engines, Mascot version 2. 3. 0 (http://www.matrixscience.com)and X! Tandem version 2007.01.01.1 (www.thegpm.org/tandem),were used to search against the Universal Protein Resource (UniProt) Viridiplantae database.Scaffold version 4.0.4(Proteome Software Inc., Portland, OR, USA) was used to validate MS/MS based peptide and protein identifications.The potential role of identified proteins involved in triticale stigma development (e.g.CRABS CLAW (CRC), STYLISH (STY), and PEPPER (PEP)), pollenstigma interactions (e.g.FIDDLEHEAD (FDH), SECRETION-ASSOCIATED RAS1 (SAR1) and FERONIA (FER)), as well as protection against biotic and abiotic stresses (e.g.PROTEIN KINASE INTERACTOR1 (PTI1), STRESS ACTIVATED PROTEIN KINASE 7 (SAPK7), and PROTEIN DISULFIDE ISOMERASES (PDIs)) was discussed.Proteins were often found in multiple spots indicating a significant degree of post-translational modification.Comparisons between triticale stigma transcriptomic and proteomic data also revealed post-translational as well as post-transcriptional regulation in this tissue.ii In triticale, comparing the functional distribution of mature stigma proteins and most abundantly expressed genes showed that structural and metabolic processes had high protein to mRNA ratios, whereas regulatory processes and transport had low protein to mRNA ratios, probably reflecting the need for rapid protein production and turnover in response to pollination.The B. napus stigma was found to express many proteins with a wide variety of roles in cellular and organ development (e.g.ANGUSTIFOLIA (AN) 3, SHORT VALVE (STV) 1, and SHAVEN3-LIKE (SVL)1).Approximately 8% of the B. napus and triticale mature stigma proteins were predicted to contain a signal peptide and this low percentage suggests that many of the proteins involved in extracellular interactions with the pollen are probably synthesized after pollination.Comparative proteomic analysis of Brassicaceae and Poaceae stigmas revealed very similar global functional trends despite being very different morphologically, but also demonstrated evident differences in protein composition in particular with respect to glucosinolate and isoprenoid metabolism, photosynthesis and self-incompatibility.To our knowledge, this study represents the first high throughput characterization of the stigma proteome.This work should serve as a solid base for future research meant to investigate the function of these proteins in stigma development and function.iii advisory member, Dr. Douglas
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».