Mutation Studies in the Active Site of β-glycosidase from Pyrococcus furiosus DSM 3638
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Sequence alignments and homology modeling of Pyrococcus furiosus thermostable glycosidase (PFTG) showed that the residue 150 is conserved as tryptophan in β-glycosidase and in other related enzymes such as β- mannosidase and β-galactosidase. To elucidate the relationship between the substrate size and geometric shape of the catalytic site of thermophilic β-glycosidase and category of PFTG, the Q77, Q150 and D206 located at the interface of the dimer were replaced with Trp and Asn. Also, to confirm the role of active sites of PFTG, the Q77R/Q150W double mutant was created through subcloning. Temperature and pH optima of both mutants and native enzyme were same at 100°C and pH 5.0 in sodium citrate buffer, respectively. The catalytic efficiencies (kcat/Km) of the mutants on synthetic and natural substrates by Isothermal Titration Calorimetry were slightly changed, but indicated the characteristics of β-glycosidase activity. Kinetic parameters of the mutant enzymes indicated that they possess characteristics of both β- galactosidase and β-mannosidase activities. Although the mutant enzymes showed similar substrate specificities compared to the recombinant enzyme, they had more affinity (Km) to substrates with low turnover number (kcat). Keywords: PFTG (Pyrococcus furiousus thermostable glycosidase), hyperthermostable enzyme, ITC (isothermal titration calorimetry), glycoside hydrolase, β-galactosidas, catalytic site, pH, enzyme
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle