The astrocyte-enriched gene <i>CG11000</i> plays a crucial role in the development, locomotion and lifespan of <i>D. melanogaster</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The brain of Drosophila melanogaster is a complex organ with various cell types, orchestrating the physiology and behaviors of the fly. While each cell type in the Drosophila brain is known to express a unique set of genes, their complete genetic profile is still unknown. Advances in the RNA-sequencing techniques at single cell resolution facilitate identifying novel cell type-specific markers and/or examining the specificity of the available markers. In this study, exploiting a single cell RNA sequencing data of Drosophila optic lobe (which comprises two thirds of the brain with extensive cell type diversity), we first categorized cell types based on their known molecular markers, then the genes with enriched expression in astrocytes were identified. Consistent with previous findings, the known glial markers CG34335 , Inx2 and nrv2 as well as the astrocytic genes CG9394 , Eaat1 , Gat , Gs2 and CG1552 exhibited enriched expression in the identified astrocyte cluster. Moreover, we identified CG11000 as a gene with positive expression correlation with the astrocytic marker Eaat1 . The positive expression correlation between CG11000 and Eaat1 genes was also observed in the single-cell RNA-sequencing data of Drosophila mid-brain as well as in the bulk RNA-sequencing data of Drosophila whole brain during development. Immunostaining of the brains dissected from adult flies showed overlapping fluorescence signals of CG11000 and Eaat1 expression, supporting co-expression of these genes in a set of single cells in Drosophila optic lobe. At the physiological level, RNAi-mediated suppression of CG11000 impeded th normal development of male flies without any effects on females. In adult flies, CG11000 suppression affected the locomotion activity and lifespan of D. melanogaster in an astrocyte-specific manner, suggesting pivotal role of CG11000 gene in astrocytes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».