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Enregistrement W4249865205 · doi:10.1128/9781555818180.ch13

“Stable” Genomes

2014· book-chapter· en· W4249865205 sur OpenAlex
Kenneth E. Sanderson, Michael McClelland, Shu‐Lin Liu

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueASM Press eBooks · 2014
Typebook-chapter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEscherichia coli research studies
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGenomePulsed-field gel electrophoresisBiologyHomologous recombinationBacterial genome sizeSalmonellaGeneticsGeneBacteriaEscherichia coliComputational biologyGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This chapter evaluates the present knowledge about the degree of stability of the genome of enteric bacteria. It discusses about the forces which have contributed to maintaining stability, and considers the types of rearrangements which can and do occur even in those genomes generally considered to be stable. With the use of methods of physical analysis of DNA, and especially the introduction of the use of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), used first in Escherichia coli by Smith and colleagues, the genomes of many strains were determined and conservation of gene order was shown to be the rule. It talks about two modifications of PFGE methods, which allow the determination of genome structure in many strains, have been used in representative enteric bacteria. It focuses on the forces which would be expected to act in a conservative way to maintain gene order. It is possible that transspecies recombination due to conjugation or transduction followed by homologous recombination, though very rare, is so important that colinearity is an important advantage. The author concludes that the overall conservation of gene order within the enteric bacteria which was reported many years ago in comparisons of E. coli and Salmonella typhimurium has been confirmed by the analysis of the physical maps of many strains of Salmonella and other enteric bacteria determined by PFGE and by the comparison of nucleotide sequences.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: Autre
Score de désaccord entre enseignants0,750
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,264
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle