OC-010 Detailed analysis of ATG16L1 demonstrates gene-wide extent of association with crohn's disease susceptibility
Notice bibliographique
Résumé
Introduction ATG16L1 has been implicated in the susceptibility to Crohn's disease (CD), notably the T300A (rs2241880, exon 9). In ATG16L1-deficient and hypomorphic mice, autophagy, Paneth-cell homeostasis and IL-1b secretion were dependent on ATG16L1 (Saitoh et al Nature 2008, Cadwell et al Cell 2010). In contrast, studies focusing on T300A have shown conflicting results (Kuballa et al PLoS ONE 2008, Fujita et al JBC 2009). The association at other susceptibility loci (eg, NOD2 and IL23R) consists of common and rare variants (Rivas et al Nat Genet 2011). Exon-sequencing studies have not demonstrated rare variants within the 18 exons of ATG16L1. Our aim was to analyse the ATG16L1 association signal, specifically focusing on common variants. Methods 38 single nucleotide polymorphisms (SNPs) spanning the ATG16L1 gene were imputed for 1735 subjects (800 CD/935 controls) (Franke et al Nat Genet 2010). Single SNP and haplotype frequency (>1%, solid spine of Linkage disequilibrium (LD), D’>0.8) association and permutation (n=10 000) analyses were performed (Haploview). Logistic regression (using SNPs p<0.05 on permutation analysis) was performed (SPSS). Monte Carlo simulation (n=10 000, R) was used to assess the difference in the number of haplotype blocks, based on D'>0.8, between CD and controls. Results Single SNP permutation analysis yielded association of 16 markers (p<0.001), from intron 1 (rs6752107) to the 3'UTR (rs1045100). Analysis of D' and r2 characteristics, showed 12 SNPs were in complete LD with rs2241880 (D' and r2 0.98−1). rs6758317 (r2=0.25, intron 2), rs3792106 (r2=0.76, intron 11), rs4663396 (r2=0.25, intron 12) and rs1045100 (r2=0.84) demonstrated strong association, independent of rs2241880. Regression analysis retained rs3792106, rs6754677 (intron 14) and rs1045100 (3'UTR) (p<0.05). A Monte Carlo simulation showed no significant difference in the number of haplotype blocks between CD and controls (p=1). A strong association with CD was shown for the haplotype block containing the rs2241880 and for the block containing rs1045100, both p<10−5. Conclusion We demonstrated that the rs2241880 alone is not sufficient to explain the strong ATG16L1 association. Additional variants, independent of rs2241880, could implicate any of the coiled-coil domain, the WD domain and/or the 3' UTR, in CD susceptibility. Competing interests None declared.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».