Abstract P278: Identification of Differentially Expressed Aortic Genes in Brown Norway Introgressed Chromosome 2 Segments into Hypertensive Dahl Salt Sensitive Rats
Notice bibliographique
Résumé
Background: Rat chromosome (RNO) 2 introgression from normotensive Brown Norway (BN) rats into hypertensive Dahl salt sensitive (SS) background (consomic SB2) reduced vascular inflammation. We hypothesized that the BN-RNO2 contains genes that reduce vascular inflammation, which could be identified using microRNA (miRNA) and total RNA expression profiling in aorta of congenic rats containing different portions of BN-RNO2 on the SS background. Methods and Results: Twelve-to-13-week-old male SS rats and congenic rats containing the distal portion of BN-RNO2 (SB2a), the middle segment (SB2b) and the proximal segment (SB2e) on the SS background, fed a normal-salt diet, were studied. Systolic blood pressure (SBP) was measured by telemetry. SBP was lower in SB2a and SB2b but not SB2e compared to SS (125±3, 127±6, 138±4 vs 146±2 mm Hg, P <0.05). Total RNA was extracted from aorta and used to construct libraries for small and total RNA sequencing using Illumina HiSeq-2500. The bioinformatics pipeline included: FastQC for quality control, STAR for genome alignment to Rattus norvegicus release-86, mirdeep2 for miRNA annotation and counting, Htseq-count for mRNA and long non-coding RNA annotation and counting; R for differential expression analysis. Differentially expressed miRNAs and genes (mRNA and non-coding RNA) were identified in SB2a vs SS (miRNAs: 3 up and 2 down, genes: 1 up and 3 down), SB2b vs SS (miRNAs: 2 up and 3 down, genes: 67 up and 112 down) and SB2e vs SS (miRNAs: 29 up and 25 down, genes: 12 up and 35 down), with FDR<0.05. Differentially expressed genes encoded within different BN-RNO2 congenic portions were identified in SB2a vs SS (2 down), SB2b vs SS (14 up and 18 down) and SB2e vs SS (1 down). Conclusions and Perspectives: Differentially expressed BN-RNO2 encoded genes were identified in aorta of congenic SB2a, SB2b and SB2e rats. Whether these genes play a role in inflammation or vascular injury remains to be determined.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».