Engineering of the <scp> <i>Neurospora</i> </scp> Varkud Satellite Ribozyme for Cleavage of Nonnatural Stem‐Loop Substrates
Notice bibliographique
Résumé
The Neurospora VS ribozyme uses a unique substrate recognition mechanism to perform cleavage of a specific phosphodiester bond within the internal loop of its stem-loop I (SLI) substrate. Specific recognition and cleavage of the SLI substrate involves a bipartite tertiary interaction with the ribozyme. This includes a highly-stable kissing-loop interaction (KLI) of the SLI terminal loop with stem-loop V and an intimate association of the SLI cleavage-site internal loop (G638 loop) with the A 756 internal loop to form the active site. In this review, we summarize what has been learned from biochemical, biophysical and structural biology studies in terms of substrate recognition by the VS ribozyme. More specifically, we discuss in detail the topological and structural relation between the VS ribozyme and its substrate, the formation of the KLI and associated helix shift in SLI, the dynamics of the KLI, and the formation of the active site. In addition, we examine the substrate specificity of this ribozyme first by summarizing the sequence diversity of known substrate variants that can be cleaved by the wild-type trans ribozyme and then defining a consensus sequence and secondary structure. To explore the potential of the VS ribozyme for cleavage of a wider range of substrates, recent research efforts have focused on engineering derivatives of the VS ribozyme. The main conclusions from these investigations are presented, in order to highlight fundamental knowledge that has been gained. In particular, the recent RNA engineering work demonstrates the critical role of conformational exchange in RNA recognition and helps define basic principles of RNA engineering, thus providing valuable insights for future development of highly functional designer RNA molecules.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».