Expression, purification and evaluation of recombinant human Syntaxin 18 as an endoribonuclease.
Notice bibliographique
Résumé
Regulation of mRNA decay is a major control point in gene expression. The processes and key players of mRNA decay in bacteria and yeast are relatively well established and characterized. In contrast, there are major gaps in our understanding of mRNA decay machineries in mammalian cells. Endonucleases appear to be key players in mammalian mRNA degradation, but the enzymes responsible are largely unknown. This is partly due to the fact that mRNA cleavage products are highly unstable and therefore difficult to detect. A novel mammalian endoribonuclease from rat liver that could cleave c-myc coding region determinant (CRD) RNA in vitro has recently been purified, and initial MALDI-MS data indicated that a candidate protein was Syntaxin 18 (Stx18), a soluble N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF) attachment protein (SNAP) receptor (SNARE)-family member. Further work with recombinant human Stx18 also indicated that Stx18 possessed the ability to cleave c-myc CRD RNA in vitro. The main objective of this thesis was to determine the endonucleolytic domain of Stx18 utilizing a deletion mapping approach, whereby truncated mutant forms of Stx18 would be generated, purified, refolded, and tested for endonucleolytic activity. Following this, the key catalytic residues of Stx18 were to be determined using the alanine-scanning approach. Unfortunately, throughout the course of this work, new evidence came to light that questions if Stx18 does in fact possess endoribonucleolytic activity, and thus the objective of this thesis shifted somewhat towards definitive determination of whether or not Stx18 is an endoribonuclease. Irrefutably conclusive evidence that Stx18 does not possess endonuclease activity was not forthcoming, but other evidence presented herein strongly suggests that it is a small, as-yet unidentified co-purified protein that is responsible for the endonucleolytic activity seen.--Pii-iii.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».