Notice bibliographique
Résumé
Fungal genomicsFrom inconspicuous microorganisms to moulds to mushrooms, the biodiversity of filamentous fungi is enormous.They are the major decomposers of plant-derived biomass and play an essential role in biogeochemical cycling in the terrestrial biosphere.While edible mushrooms have been part of the human diet for over 2000 years, some filamentous fungi are the causative agents of animal and plant diseases.Filamentous fungi have been used as cell factories to produce antibiotics, therapeutics, enzymes and organic acids.The enzymes produced by them are used in food, feed, detergent, pulp and other industries.Since the publication of the genome of Phanerochaete chrysosporium [1], the first for filamentous fungi, over 400 filamentous fungal genomes have been sequenced or are being sequenced (http://gen omeonline.org).The genome-sequenced fungi fall into two broad groups, one with medical relevance [2] and the other comprising fungi with impact on biogeochemical cycling and biofuels development [3].Until now, over 75% of the genomes sequenced belong to four classes of the Fungal Kingdom: Agaricomycetes, Dithideomycetes, Eurotiomycetes and Sordariomycetes.To capture the biodiversity present in the Fungal Kingdom, the 1000 Fungal Genomes Project (www.1000.fungalgenome.org),initiated in 2011 in collaboration with the Joint Genome Institute of the U.S. Department of Energy, plans to sequence two species from every known family of the Fungal Kingdom.The completed and ongoing efforts in fungal genomes provide foundational information that will help researchers understand how fungi work in diverse ecologies.The articles in this special issue review features that are unique to filamentous fungi as unravelled by genomic approaches.The first article [4] addresses the approaches and resources available for post-genome sequencing research in filamentous fungi.Poorly assembled and characterized genomes make functional genomic analysis of many filamentous fungi challenging.For the hundreds of evolutionarily diverse genomes that
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,005 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,076 | 0,083 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».