Assessing the genomic diversity and relatedness in 10 Canadian heritage chicken lines using whole‐genome sequence data
Notice bibliographique
Résumé
In the past 50 years, there has been a steep increase in the demand for poultry products, met by increasing production along with genetic selection for improved growth, efficiency, health and reproduction. The selection tends to reduce the number and type of genetic resources contributing to the majority of production. The University of Alberta maintains 10 heritage chicken lines (Brown Leghorn (BL), Light Sussex (LS), New Hampshire (NH), Saskatchewan Barred Rock (SaskBR), Shaver Barred Rock (ShaverBR), Shaver Rhode Island Red (RIR), White Leghorn (WL) and three commercial crosses called Alberta Meat Control strains 1957 (AMC-1957), 1978 sire line (AMC-1978-20S) and 1978 dam line (AMC-1978-30D), that played a large role in the evolution of the poultry industry in Canada. Since these lines have not been subjected to the same intensive selection pressures as commercial counterparts, they may contain unique genetic variants lost in commercial lines. Thus, for conservation management of these lines, the first step is to assess their genetic diversity. 71 male samples from across 10 lines were analysed using whole-genome sequencing and patterns of genetic diversity and relatedness among these lines were explored. AMC-1978-30D showed the highest genetic diversity as reflected in observed and expected heterozygosity (0.327 and 0.250), percentage of polymorphic markers (~ 65%) and average recent inbreeding coefficient (-0.039), followed by AMC-1978-20S and AMC-1957. BL showed the lowest genetic diversity as reflected in observed and expected heterozygosity (0.130 and 0.116), percentage of polymorphic markers (~31%) and average recent inbreeding coefficient (0.577), followed by LS, WL and NH. Our findings highlight the need for special attention for the populations of BL, WL, LS and NH, with the largest levels of inbreeding. Our results can be used to develop a breeding strategy to optimize and conserve the genetic variation present in heritage lines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».