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Enregistrement W4280631056 · doi:10.1101/2022.05.11.491519

A dynamic <i>in vitro</i> model of Down Syndrome neurogenesis with Trisomy 21 gene dosage correction

2022· preprint· en· W4280631056 sur OpenAlexaff
Prakhar Bansal, Erin C. Banda, Heather R. Glatt-Deeley, Christopher Stoddard, Jeremy W. Linsley, Neha Arora, Darcy T. Ahern, Yuvabharath Kondaveeti, Michaël Nicouleau, Miguel Sabariego-Navarro, Mara Dierssen, Steven Finkbeiner, Stefan F. Pinter

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthUniversity of Connecticut
Mots-clésXISTBiologyNeurogenesisPhenotypeGene dosageTransgeneNeural stem cellGeneticsGene silencingInduced pluripotent stem cellGeneCell biologyEmbryonic stem cellStem cellGene expressionX-inactivationX chromosome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT/SUMMARY Excess gene dosage from human chromosome 21 (chr21) causes Down syndrome (DS), spanning developmental as well as acute phenotypes in terminal cell types. Which phenotypes remain amenable to intervention after development is unknown. To address this question in a model of DS neurogenesis, we generated trisomy 21 (T21) human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) alongside otherwise isogenic euploid controls from mosaic DS fibroblasts, and integrated an inducible XIST transgene on one chr21 copy. Monoallelic chr21 silencing by XIST was near-complete and irreversible in hiPSCs. Differential expression reveals T21 neural lineages and T21 hiPSCs suppress similar translation and mitochondrial pathways, and activate cellular stress responses. When XIST is induced before the neural progenitor stage, T21 dosage correction mitigates a pronounced skew towards astrogenesis in differentiation. Because our transgene remained inducible in post-mitotic T21 neurons and astrocytes, we demonstrate XIST efficiently represses genes even after terminal differentiation, which will empower exploration of cell type-specific T21 phenotypes that remain responsive to chr21 dosage.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,190
Écart entre enseignants0,184 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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