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Enregistrement W4280654651 · doi:10.1101/2022.05.06.490968

Single-Cell RNAseq Analysis Reveals Robust, Anti-PD-1-Mediated Increase of Immune Infiltrate in Metastatic Castration-Sensitive Prostate Cancer

2022· preprint· en· W4280654651 sur OpenAlexaff
Jessica E. Hawley, Aleksandar Obradović, Matthew C. Dallos, Emerson A. Lim, Karie Runcie, Casey R. Ager, Christopher B. Anderson, Joel DeCastro, Joshua Weintraub, Renu K. Virk, Israel Lowy, Jianhua Hu, Matthew G. Chaimowitz, Xinzheng V. Guo, Ya Zhang, Jeremy Worley, Mark N. Stein, Andrea Califano, Charles G. Drake

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Immunotherapy and Biomarkers
Établissements canadiensColumbia College
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthConquer Cancer FoundationRegeneron PharmaceuticalsProstate Cancer Foundation
Mots-clésProstate cancerImmune systemAndrogen deprivation therapyImmunotherapyTumor microenvironmentMedicineDruggabilityContext (archaeology)OncologyCastrationCancerProstateMetastasisCancer researchHormonal therapyInternal medicineImmunologyBiologyHormone

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY Compared to other malignancies, the tumor microenvironment (TME) of primary and castration-resistant prostate cancer (CRPC) is relatively devoid of immune infiltrates. While androgen deprivation therapy (ADT) induces a complex immune infiltrate in localized prostate cancer, both in animal models and humans, the TME composition of metastatic, castration-sensitive prostate cancer (mCSPC) is relatively unknown and the effects of ADT and other treatments are poorly characterized in this context. To address this challenge, we analyzed metastatic sites from patients enrolled on a phase 2 clinical trial ( NCT03951831 ), in which men were treated with standard-of-care chemo-hormonal therapy with anti-PD-1 immunotherapy, at the single cell level. Longitudinal protein activity-based analysis of TME subpopulations identified immune subpopulations conserved across multiple metastatic sites, their dynamic, treatment-mediated evolution, and associated clinical response features. Our study revealed a therapy-resistant, transcriptionally distinct tumor subpopulation, which comprises an increasing number of cells in treatment-refractory patients, and identified several druggable targets in both tumor and immune cells as candidates to advance treatment and improve outcomes for patients with mCSPC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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