GCT-09. Transcriptome and methylome profiles of CNS germ cell tumors and their comparison with testicular counterpart
Notice bibliographique
Résumé
Abstract BACKGROUND: The pathophysiology of CNS germ cell tumors (GCTs) has yet to be fully unraveled, resulting in the paucity of treatment options. The biological comparison with its testicular counterpart has not been interrogated. METHODS: In total, 84 cases of CNS GCT were investigated for methylation and transcriptome analyses, and an integrative analysis of the normal cells undergoing embryogenesis and testicular GCTs was conducted. RESULTS: Transcriptome analysis revealed germinoma and non-germinomatous GCTs (NGGCTs) were clearly separated. On transcriptome, germinoma was characterized by primitive cell state, closely related to primordial germ cell (PGC) with meiosis/mitosis potentials. NGGCT had a feature of more differentiated cell state directed toward organogenesis. Germinoma was subdivided into two clusters on integrated transcriptome and methylation analysis, and they are different in the age distribution and tumor cell content. CNS and testicular GCTs were divided based on histology, either germinoma/seminoma or NGGCT/non-seminomatous GCTs on methylation. Expression analysis mainly clustered them depending on the site of origin and histology. CONCLUSIONS: Expression profiles of CNS GCTs distinctly reflect the histological variabilities. Germinoma may be clustered into two groups, with possible differentiation in treatment intensity in the future. GCTs at CNS and gonads seem to have a mutual cell-of-origin and similar genomic backgrounds, which potentiates site-agnostic treatment development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».