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Enregistrement W4281648307 · doi:10.1093/jtm/taac076

This ‘mite’ be a contaminant

2022· article· en· W4281648307 sur OpenAlexaff
Jean T. Coulibaly, Isaac I. Bogoch

Notice bibliographique

RevueJournal of Travel Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineSocial Sciences
ThématiqueEarthquake and Disaster Impact Studies
Établissements canadiensToronto General HospitalUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Laboratory contaminants may be introduced at any point between sample collection and analysis. During schistosomiasis control efforts in Côte d’Ivoire, a mite contaminating a urine specimen was visualized under light microscopy that resembled the egg of Schistosoma haematobium. Schistosomiasis and soil-transmitted helminth infections (STH) continue to disproportionately impact children in rural low-income regions. Chronic infection with schistosomiasis results in morbidity related to gastrointestinal disease such as complications of portal hypertension (Schistosoma mansoni) or urogenital disease such as bladder cancer or infertility (S. haematobium).1 Preventative chemotherapy in high-burden settings with praziquantel is recommended by the World Health Organization to mitigate morbidity.2 In this study, urine and stool samples from school-aged children in several villages near Azaguié, Côte d’Ivoire, were analysed as part of ongoing schistosomiasis and STH surveillance projects in the region. Urine was filtered through 20-μm filter paper and visualized under light microscopy for S. haematobium infection. A mite from the Tarsonemidae family is visualized in Figure 1 (black arrow) next to S. haematobium eggs (red arrows). Tarsonemidae mites typically feed on vegetation and are infrequent contaminants of urine and stool specimens.3 These mites share a similar shape, size and colour as schistosome eggs (~120–150-μm long), and could be mistaken for an egg at low power magnification or with rapid review of a slide. Contaminants may be introduced during sample collection, transportation, processing or analysis, and can mimic pathogens; in this case mimicking an egg, in other cases a worm,4,5 Careful examination of slides by expert microscopists can help distinguish contaminants from true pathogens. A mite from the Tarsonemidae family (black arrow) is visualized with Schistosoma haematobium eggs (red arrows) under light microscopy JTC has no conflicts to declare. IIB consults to BlueDot, a social benefit company that tracks emerging infectious diseases, and to the NHL Players’ Association.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,022
Score d'incertitude au seuil0,074

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0030,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0220,010

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,346
Écart entre enseignants0,290 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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