Molecular epidemiology of carbapenemase-producing <i>Acinetobacter</i> spp. from Israel, 2001-2006: earliest report of <i>bla</i> <sub>NDM</sub> predating the oldest known <i>bla</i> <sub>NDM</sub> -positive strains
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAb) is a WHO priority 1 critical pathogen. Despite early emergence of elevated CRAb rates in Israel, limited molecular data from this location are available. We searched for carbapenemases among 198 clinical Acinetobacter spp. from Israel between 2001 and 2006. Methods Strains from 3 archives underwent whole-genome sequencing (Illumina NovaSeq on all, MinION on a subset) and computational analyses: assembly (Unicycler), annotation (prokka), identification (Kraken, rpoB similarity), search for carbapenemases (ResFinder, BLDB curation). Findings A. baumannii (Ab) represented 179 (90·4%) Acinetobacter spp. Eighty-four Ab (46·9%) carried a carbapenemase: 38 (45·2%) bla OXA-72 ( bla OXA-24-like ); 28 (33·3%) bla OXA-23-like (20 bla OXA-23 and 8 bla OXA-225 ); 18 (21·5%) bla OXA-58 (16 from 2001-2). Carbapenemase rates increased yearly from 2002 (32%) to 2006 (67%). Eight species of non- baumannii Acinetobacter (NbA) accounted for 19 isolates (9·6%). Two of three A. junii contained bla OXA-58 , one of which, Ajun-H1-3, isolated in January 2004, also possessed bla NDM-1 . The pNDM-Ajun-H1-3 plasmid matched numerous NDM-positive plasmids reported from 2005 onwards in Acinetobacter spp. as well as Enterobacterales . Interpretation We assessed carbapenemase diversity among Acinetobacter spp. in Israel from 2001-2006. Findings in Ab predate observations elsewhere: rapidly rising carbapenemase rates, driven by bla OXA-23-like and bla OXA-24-like genes replacing bla OXA-58 . Among NbA, an A. junii isolated in 2004 carried bla NDM-1 , making it the earliest NDM-positive isolate reported to date, preceding those from 2005 in India. Further research into bla NDM ’s emergence is warranted, in order to shed light on the evolution and spread of this and other antibiotic-resistance genes. Funding Centre de recherche Charles-Le Moyne; Department of Microbiology and Infectious Diseases, Faculty of Medicine and Health Sciences, Université de Sherbrooke; Fonds de recherche du Québec – Santé; New Frontiers in Research Fund Grant NFRFE-2019-00444; CIFAR-Azrieli Global Scholars Program.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».