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Enregistrement W4281664568 · doi:10.1101/2022.06.06.22275997

Proteome-wide Mendelian randomization implicates nephronectin as an actionable mediator of the effect of obesity on COVID-19 severity

2022· preprint· en· W4281664568 sur OpenAlexafffund
Satoshi Yoshiji, Guillaume Butler‐Laporte, Tianyuan Lu, Julian Willett, Chen‐Yang Su, Tomoko Nakanishi, David Morrison, Yiheng Chen, Kevin Y. H. Liang, Michael Hultström, Yann Ilboudo, Zaman Afrasiabi, Shanshan Lan, Naomi Duggan, Chantal DeLuca, Mitra Vaezi, Chris Tselios, Xiaoqing Xue, Meriem Bouab, Fangyi Shi, Lætitia Laurent, Hans Markus Münter, Marc Afilalo, Jonathan Afilalo, Vincent Mooser, Nicholas J. Timpson, Hugo Zeberg, Sirui Zhou, Vincenzo Forgetta, Yossi Farjoun, J. Brent Richards

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensMcGill Genome CentreMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilFonds de Recherche du Québec - SantéNational Institute for Health and Care ResearchJewish General HospitalPublic Health AgencyEuropean CommissionKing's College LondonFondation de l'Hôpital général juifCanadian Institutes of Health ResearchCompute CanadaNational Institutes of HealthMcGill UniversityPublic Health Agency of CanadaJapan Society for the Promotion of ScienceCancer Research UK
Mots-clésMendelian randomizationMediatorObesityBody mass indexCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Internal medicineBioinformaticsMedicineTranscriptomeBiologyEndocrinologyGeneGeneticsDiseaseGene expressionGenetic variants

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Obesity is a major risk factor for COVID-19 severity; however, the mechanisms underlying this relationship are not fully understood. Since obesity influences the plasma proteome, we sought to identify circulating proteins mediating the effects of obesity on COVID-19 severity in humans. Here, we screened 4,907 plasma proteins to identify proteins influenced by body mass index (BMI) using Mendelian randomization (MR). This yielded 1,216 proteins, whose effect on COVID-19 severity was assessed, again using MR. We found that a standard deviation increase in nephronectin (NPNT) was associated with increased odds of critically ill COVID-19 (OR = 1.71, P = 1.63 × 10 −10 ). The effect was driven by an NPNT splice isoform. Mediation analyses supported NPNT as a mediator. In single-cell RNA-sequencing, NPNT was expressed in alveolar cells and fibroblasts of the lung in individuals who died of COVID-19. Finally, decreasing body fat mass and increasing fat-free mass were found to lower NPNT levels. These findings provide actionable insights into how obesity influences COVID-19 severity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,210
Score d'incertitude au seuil0,766

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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