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Enregistrement W4281734206 · doi:10.1101/2022.06.08.495323

Improved protein glycosylation enabled heterologous biosynthesis of monoterpenoid indole alkaloids and their unnatural derivatives in yeast

2022· preprint· en· W4281734206 sur OpenAlexaff
Mohammadamin Shahsavarani, Joseph Christian Utomo, Rahul Kumar, Melina Paz‐Galeano, Jorge Jonathan Oswaldo Garza-García, Zhan Mai, Dae‐Kyun Ro, Yang Qu

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomainePharmacology, Toxicology and Pharmaceutics
ThématiqueAlkaloids: synthesis and pharmacology
Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of New Brunswick
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCatharanthus roseusBiosynthesisBiochemistryBiologyIndole alkaloidVindolineIndole testChemistryVinblastineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract With over 3,000 reported structures, monoterpenoid indole alkaloids (MIAs) constitute one of the largest alkaloid groups in nature, including the clinically important anticancer drug vinblastine and its semi-synthetic derivatives from Catharanthus roseus (Madagascar’s periwinkle). With the elucidation of the complete 28-step biosynthesis for anhydrovinblastine, it is possible to investigate the heterologous production of vinblastine and other medicinal MIAs. In this study, we successfully expressed the flavoenzyme O -acetylstemmadenine oxidase in Saccharomyces cerevisiae (baker’s yeast) by signal peptide modification, which is a vinblastine biosynthetic gene that has not been functionally expressed in this system. We also report the simultaneous genomic integration of ∼18 kb MIA biosynthetic gene cassettes as single copies by CRISPR-Cas9 in baker’s yeast, which enabled the biosynthesis of vinblastine precursors catharanthine and tabersonine from the feedstocks secologanin and tryptamine. We further demonstrated the biosynthesis of fluorinated and hydroxylated catharanthine and tabersonine derivatives using our yeasts, which showed that the MIA biosynthesis accommodates unnatural substrates, and the system can be further explored to produce other complex MIAs. With over 3,000 members, monoterpenoid indole alkaloids (MIA) are one of the largest and most diverse alkaloids in nature including many human medicines, such as chemotherapeutics vinblastine from Catharanthus roseus (Madagascar’s periwinkle) and camptothecin from Camptotheca accuminata (happy tree), and antiarrhythmic ajmaline from Rauwolfia serpentina (Indian snakeroot). 1 Recent studies have elucidated the complete 28-step biosynthetic pathway for anhydrovinblastine in C. roseus , which involves diverting a primary monoterpene geranyl pyrophosphate into the biosynthesis of secologanin via the iridoid pathway (9 steps), genesis of the first MIA strictosidine that is the universal precursor to almost all MIAs (2 steps), conversion of strictosidine to iboga type MIA catharanthine and aspidosperma type tabersonine (9 steps), decorating tabersonine to vindoline (7 steps), and the final step that couples vindoline and catharanthine to make anhydrovinblastine (Fig. 1). 2-12 These studies not only revealed the remarkable complexity of MIA formations but also enabled the exploration in heterologous production of bioactive MIAs and intermediates that are usually found in low quantities in their natural sources. Notably, strictosidine and a related corynanthe type MIA ajmalicine have been produced de novo in Saccharomyces cerevisiae (baker’s yeast), 13,14 while vindoline has been produced in baker’s yeast from tabersonine feedstock. 3,15,16 For strictosidine production in yeast, the challenges lie in the generally low monoterpene biosynthesis output and the intermediates consumption by yeast native metabolism. 13,14,17 While studies did not report rapid MIA consumption by yeast, vindoline yields were improved by optimizing the stoichiometry of cytochrome P450 monooxygenase (CYP), CYP redox partner CYP reductase (CPR), and other factors related with CYP activities such as endoplasmic reticulum (ER) homeostasis and NADPH co-factor regeneration that are commonly exploited. 15,16 In this study, we constructed yeast strains containing the remaining vinblastine biosynthetic segment and produced catharanthine and tabersonine by feeding precursors, secologanin and tryptamine, as well as their unnatural derivatives by feeding substituted tryptamine.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,050
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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