Genomic epidemiology revealed the emergence and worldwide dissemination of ST383 carbapenem-resistant hypervirulent <i>Klebsiella pneumoniae</i> and hospital acquired infections of ST196 <i>Klebsiella quasipneumoniae</i> in Qatar
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The emergence of carbapenem-resistant (CR) hypervirulent Klebsiella pneumoniae (hvKp) is a new threat to healthcare. In this study, we studied the molecular epidemiology of CR Klebsiella isolates in Qatar using whole genome sequence data. We also characterised the prevalence and genetic basis of hypervirulent phenotypes, and established the virulence potential using a Galleria mellonella model. One hundred CR Klebsiella isolates were recovered, and NDM and OXA-48 were the most common carbapenemases. Phylogenetic analysis indicated the presence of diverse sequence types and clonal lineages; one of them belonged to K. quaisipneumoniae ST196 that may be disseminated among several health care centres. Ten K. pneumoniae isolates carrying rmpA and/or rmpA2 , and 2 isolates belonged to KL2, indicating the prevalence of classical hypervirulent (hv) isolates was not high. Isolates carrying CR and hv genes were confined mainly to ST231 and ST383 isolates. One ST383 isolate was further investigated by MinION sequencing, and the assembled genome indicated the bla NDM was located on an IncHI1B type plasmid (pFQ61_ST383_NDM-5), which also harbored several virulence factors, including the regulator of the mucoid phenotype ( rmpA ), the regulator of mucoid phenotype 2 ( rmpA2 ), and aerobactin ( iucABCD and iutA ), likely resulting from inversion and recombination events. In contrast, bla OXA-48 was located in an IncL-type plasmid. Comparative genomes indicated the recent evolution and emergence of CR-hv Kp ST383 via the acquisition of hybrid plasmids with both carbapenemase and virulence genes. CR-hv K. pneumoniae ST383 pose an emerging threat to global health due to their simultaneous hypervirulence and multidrug resistance.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».