OmicsNet 2.0: a web-based platform for multi-omics integration and network visual analytics
Notice bibliographique
Résumé
Researchers are increasingly seeking to interpret molecular data within a multi-omics context to gain a more comprehensive picture of their study system. OmicsNet (www.omicsnet.ca) is a web-based tool developed to allow users to easily build, visualize, and analyze multi-omics networks to study rich relationships among lists of 'omics features of interest. Three major improvements have been introduced in OmicsNet 2.0, which include: (i) enhanced network visual analytics with eleven 2D graph layout options and a novel 3D module layout; (ii) support for three new 'omics types: single nucleotide polymorphism (SNP) list from genetic variation studies; taxon list from microbiome profiling studies, as well as liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) peaks from untargeted metabolomics; and (iii) measures to improve research reproducibility by coupling R command history with the release of the companion OmicsNetR package, and generation of persistent links to share interactive network views. We performed a case study using the multi-omics data obtained from a recent large-scale investigation on inflammatory bowel disease (IBD) and demonstrated that OmicsNet was able to quickly create meaningful multi-omics context to facilitate hypothesis generation and mechanistic insights.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,048 | 0,022 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».