Abstract 6317: Molecular subtyping in prostate cancer associate with outcomes to abiraterone and ipatasertib treatment from the phase III IPATential150 trial
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Prostate cancer is a heterogeneous disease and genomic subtyping offers an opportunity to better understand underlying disease biology. Here, we performed transcriptional profiling by RNA-Seq (n=582) and targeted genomic sequencing by FoundationONE CDx (n=743) from prostate cancer tumor specimens in the phase III IPATential150 trial of first-line ipatasertib (Ipat) plus abiraterone (Abi) in metastatic castration-resistant prostate cancer (N=1101). Unsupervised transcriptomic analysis of the 582 samples with RNA-Seq with Nonnegative Matrix Factorization (NMF) reveals four consensus subtypes. This includes an immune/cell cycle-high, an AR signature/cell cycle-high, a stroma program-enriched, and an ERG fusion-enriched subtype. Subgroups of patients with immune/cell cycle-high and AR signature/cell cycle-high tumors had the shortest radiographic progression-free survival (rPFS) and were characterized by high MYC and cell cycle-related gene signatures. Patients with AR signature/cell cycle-high tumors showed the greatest increase in rPFS with Ipat + Abi vs. Placebo (Pbo) + Abi (HR = 0.58). Cluster n Enriched processes Median rPFS (Pbo + Abi) (months, 95% CI) Median rPFS (Ipat + Abi) (months, 95% CI) HR (95% CI) NMF1 84 Immune processes, metabolism, cell cycle 10.3 (8.3 - 12.7) 13.9 (10.9 - 16.4) 0.77 (0.47 - 1.28) NMF2 165 Androgen response signature, cell cycle, MYC signature 11.9 (8.8 - 16.5) 20.9 (16.4 - NA) 0.58 (0.38 - 0.90) NMF3 156 Fibroblast, Wnt, Notch, Hedgehog, TGFb 20.0 (16.4 - NA) 22.3 (15.6 - 24.9) 0.96 (0.59 - 1.56) NMF4 177 ERG fusion 18.4 (13.8 - 23.8) 24.7 (16.2 - NA) 0.78 (0.50 - 1.20) Citation Format: Zhen Shi, Malgorzata Nowicka, Johann de Bono, Kim N. Chi, Christopher Sweeney, Cora N. Sternberg, David Olmos, Sergio Bracarda, Christophe Massard, Nobuaki Matsubara, Josep Garcia, Geng Chen, Matthew Wongchenko, Shahneen K. Sandhu. Molecular subtyping in prostate cancer associate with outcomes to abiraterone and ipatasertib treatment from the phase III IPATential150 trial [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2022; 2022 Apr 8-13. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2022;82(12_Suppl):Abstract nr 6317.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».