Population genomic analyses reveal evidence for limited recombination in the superbug <i>Candida auris</i> in nature
Notice bibliographique
Résumé
Candida auris is a recently emerged, multidrug-resistant pathogenic yeast capable of causing a diversity of human infections worldwide. Genetic analyses based on whole-genome sequences have clustered strains in this species into five divergent clades, with each clade containing limited genetic variation and one of two mating types, MTLa or MTLα. The patterns of genetic variations suggest simultaneous emergence and clonal expansion of multiple clades of this pathogen across the world. At present, it is unclear whether recombination has played any role during the evolution of C. auris. In this study, we analyzed patterns of associations among single nucleotide polymorphisms in both the nuclear and the mitochondrial genomes of 1,285 strains to investigate potential signatures of recombination in natural C. auris populations. Overall, we found that polymorphisms in the nuclear and mitochondrial genomes clustered the strains similarly into the five clades, consistent with a lack of evidence for recombination among the clades after their divergence. However, variable percentages of SNP pairs showed evidence of phylogenetic incompatibility and linkage equilibrium among samples in both the nuclear and the mitochondrial genomes, with the percentages higher in the total population than those within individual clades. Our results are consistent with limited but greater frequency of recombination before the divergence of the clades than afterwards. SNPs at loci related to antifungal resistance showed frequencies of recombination similar to or lower than those observed for SNPs in other parts of the genome. Together, though very limited, evidence for the observed recombination for both before and after the divergence of the clades suggests the possibility for continuous genetic exchange in natural populations of this important yeast pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».