MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4283010046 · doi:10.1101/gad.348982.121

Recurrent chromosomal translocations in sarcomas create a megacomplex that mislocalizes NuA4/TIP60 to Polycomb target loci

2022· article· en· W4283010046 sur OpenAlexafffund
Deepthi Sudarshan, Nikita Avvakumov, Marie‐Eve Lalonde, Nader Alerasool, Charles Joly-Beauparlant, Karine Jacquet, Amel Mameri, Jean‐Philippe Lambert, Justine Rousseau, Catherine Lachance, Éric R. Paquet, Lara Herrmann, Samarth Thonta Setty, Jérémy Loehr, Marcus Q. Bernardini, Marjan Rouzbahman, Anne‐Claude Gingras, Benoit Coulombe, Arnaud Droit, Mikko Taipale, Yannick Doyon, Jacques Côté

Notice bibliographique

RevueGenes & Development · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensSinai Health SystemUniversity Health NetworkUniversity of TorontoUniversité de MontréalUniversité LavalMontreal Clinical Research InstituteLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalCentre hospitalier de l'Université LavalPrincess Margaret Cancer CentreCentre hospitalier universitaire de Québec
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaFonds de recherche du Québec – Nature et technologiesCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of Toronto
Mots-clésBiologyChromosomal translocationGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Chromosomal translocations frequently promote carcinogenesis by producing gain-of-function fusion proteins. Recent studies have identified highly recurrent chromosomal translocations in patients with endometrial stromal sarcomas (ESSs) and ossifying fibromyxoid tumors (OFMTs), leading to an in-frame fusion of PHF1 (PCL1) to six different subunits of the NuA4/TIP60 complex. While NuA4/TIP60 is a coactivator that acetylates chromatin and loads the H2A.Z histone variant, PHF1 is part of the Polycomb repressive complex 2 (PRC2) linked to transcriptional repression of key developmental genes through methylation of histone H3 on lysine 27. In this study, we characterize the fusion protein produced by the EPC1 - PHF1 translocation. The chimeric protein assembles a megacomplex harboring both NuA4/TIP60 and PRC2 activities and leads to mislocalization of chromatin marks in the genome, in particular over an entire topologically associating domain including part of the HOXD cluster. This is linked to aberrant gene expression—most notably increased expression of PRC2 target genes. Furthermore, we show that JAZF1—implicated with a PRC2 component in the most frequent translocation in ESSs, JAZF1-SUZ12 —is a potent transcription activator that physically associates with NuA4/TIP60, its fusion creating outcomes similar to those of EPC1-PHF1 . Importantly, the specific increased expression of PRC2 targets/ HOX genes was also confirmed with ESS patient samples. Altogether, these results indicate that most chromosomal translocations linked to these sarcomas use the same molecular oncogenic mechanism through a physical merge of NuA4/TIP60 and PRC2 complexes, leading to mislocalization of histone marks and aberrant Polycomb target gene expression.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,553
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueGenes & DevelopmentMême sujetEpigenetics and DNA MethylationTravaux en français237 207