Peripheral Blood Gene Expression at 3 to 24 Hours Correlates with and Predicts 90-Day Outcome Following Human Ischemic Stroke
Notice bibliographique
Résumé
Abstract This study identified early immune gene responses in peripheral blood associated with 90-day ischemic stroke (IS) outcomes and an early gene profile that predicted 90-day outcomes. Peripheral blood from the CLEAR trial IS patients was compared to vascular risk factor matched controls. Whole-transcriptome analyses identified genes and networks associated with 90-day IS outcome (NIHSS-NIH Stroke Scale, mRS-modified Rankin Scale). The expression of 467, 526, and 571 genes measured at ≤3, 5 and 24 hours after IS, respectively, were associated with poor 90-day mRS outcome (mRS=3-6), while 49, 100 and 35 associated with good mRS 90-day outcome (mRS=0-2). Poor outcomes were associated with up-regulated MMP9 , S100A12 , interleukin-related and STAT3 pathways. Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA) revealed modules significantly associated with 90-day outcome. Poor outcome modules were enriched in down-regulated T cell and monocyte-specific genes plus up-regulated neutrophil genes and good outcome modules were associated with erythroblasts and megakaryocytes. Using the difference in gene expression between 3 and 24 hours, 10 genes correctly predicted 100% of patients with Good 90-day mRS outcome and 67% with Poor mRS outcome (AUC=0.88) in a validation set. The predictors included AVPR1A , which mediates platelet aggregation, release of coagulation factors and exacerbates the brain inflammatory response; and KCNK1 ( TWIK-1 ), a member of a two-pore potassium channel family, which like other potassium channels likely modulates stroke outcomes. This study suggests the immune response after stroke impacts long-term functional outcomes. Furthermore, early post-stroke gene expression may predict stroke outcomes and outcome-associated genes could be targets for improving outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».