Genetic structure and genome-wide association study of a genomic panel of two-row, spring barley (<i>Hordeum vulgare</i> L.) with differential reaction to Fusarium head blight (<i>Fusarium graminearum</i> Schwabe) and deoxynivalenol production
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium head blight (FHB), primarily incited by Fusarium graminearum Schwabe, is the most devastating disease of barley (Hordeum vulgare L.) in Canada. Contaminated grains are unsuitable for use as livestock feed or by the malting industry, primarily due to contamination by mycotoxins such as deoxynivalenol (DON). Reducing DON content has been a long-term goal of barley breeders; however, the complex genetics of resistance and laborious testing required have made it difficult to develop resistant cultivars. An Illumina 50 K SNP beadchip was used to genotype a diverse collection (n = 400) of two-row barley genotypes, selected primarily from North American-breeding programs. This genomic panel was phenotyped in three environments in Manitoba, Canada, over two growing seasons. Genotypes were evaluated for heading date, height, FHB score, and DON content. A genome-wide association study (GWAS) was carried out using a mixed linear model (MLM: Q + K) accounting for population structure (Q) and kinship (K) as covariates. This study characterized the population structure of two-row barley germplasm important to North American-breeding programs. Significant marker-trait associations were identified on all chromosomes for FHB, and on all chromosomesexcept 1 H and 6 H for DON content. Individual marker effects were small, explaining only up to 5% of the phenotypic variation. Genes within genomic regions that were associated with FHB-related traits displayed multiple functions linked with disease resistance. While numerous minor, marker-trait associations were identified, phenotypic evaluations are still the best predictors of these traits, despite their time-consuming nature and dependenceon environmental conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».