Identification And Functional Analysis of 3-Phosphatidylinositol Kinase <i>FAB1/PIKfyve</i> Gene Family in Rice (<i>Oryza sativa</i>)
Notice bibliographique
Résumé
FAB1/PIKfyve is a key enzyme that catalyzes phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns3P) to form phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PtdIns (3,5) P 2 ). Its product PtdIns (3,5) P 2 plays an important role in the development of eukaryotic cells. In order to figure out the function of PtdIns (3,5) P 2 in rice reproductive development, this study combined bioinformatics and genetics methods to identify the rice FAB1/PIKfyve genes, analyzed the physical and chemical properties, gene structures, conserved domains, phylogenetic tree, cis-acting elements, tissue expression profiles and used CRISPR/Cas9 gene editing technology to obtain osfab1b mutants. Bioinformatics analysis results showed that nine FAB1 gene family members were identified from the whole genome of Oryza Sativa . Gene structure analysis indicated the differences existed in the gene structure of FAB1 family, the number of exons are 8-12. Conserve domain analysis showed that OsFAB1A and OsFAB1B contained the N-terminal FYVE domain, and the remaining members contained the Cpn60_TCP1 domain and PIPKc kinase domain. Phylogenetic analysis indicated that the functions of FAB1 family were highly conserved in mono- and dicotyledonous plants. Prediction of cis-element in the upstream regulatory region of FAB1 genes revealed a variety of growth-related, light-responsive, and hormone and stress-responsive cis-elements. Tissue expression profiles showed that most of FAB1 genes were global-expressed, and the high expression of FAB1C sub-cluster genes in lemma and palea suggested that they might be involved in floral organ development. Finally, the osfab1b mutants were obtained through the CRISPR/Cas9 system, and the pollen vitality of the osfab1b mutants showed no significantly abnormality, implied that FAB1 family had functional redundancy in the reproductive development of rice. The present results provide a theoretical reference for biological function studies of the phosphatidylinositol regulatory network in rice.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».