A Picture is Worth 1000 Words: Using Pictorial Expression Data in Bioinformatics Assignments
Notice bibliographique
Résumé
When learning bioinformatics, students are often given an unknown sequence and are required to perform a BLAST search to determine gene identity and % identity shared with genes in other species.The goal is usually for students to speculate the role of this unknown gene within their organism.We have found that access to visual information about expression patterns is very useful especially for non-experts like our students.Researchers from the University of Toronto developed the ePlant browsers that summarize expression data from thousands of experiments first in Arabidopsis (Winter et al. 2007) and now from a diverse array of plant species (as well as mice and humans).In this workshop we will use this online tool to explore expression of several genes in terms of tissue and subcellular specificity, developmental regulation, different physiological conditions and natural variation in different sub-species.It is also possible to look at a specific plant tissue or condition and find genes expressed within this tissue or condition.Expression data for any specific gene is linked with many other useful genomic tools.This tool could be used as a part of a genetics, developmental biology, cell biology, physiology or ecology lab.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,030 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,007 | 0,016 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,131 | 0,068 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».