Analysis of MYB Transcription Factor Family Based on Transcriptome Sequencing in Colored Potato
Notice bibliographique
Résumé
MYB transcription factor family is one of the transcription factors with various functions and numerous quantities, which plays an important role in plant growth and metabolism regulation. In this study, based on the transcriptome sequencing data of color potato tubers, we screened MYB transcription factor genes during the development of color potato, and analyzed its conservative domain and subcellular localization; meanwhile, we analyzed the differential expression of R2R3 MYB transcription factor by TMEV software, and predicted the function of R2R3 MYB transcription factor with significant difference. The results showed that based on the transcriptome sequencing (RNA-Seq) data, 143 transcription factors of MYB family were annotated, selected, and divided into four categories (1R-MYB, R2R3-MYB, 3R-MYB and 4R-MYB) according to their structural characteristics. The result of the subcellular localization demonstrated that 138 MYB transcription factors were located in the nucleus, one MYB transcription factors were located in the cytoplasm, and four MYB transcription factors were located in the cell membrane. Conservative domain analysis showed that the conserved motifs of R2R3-MYB transcription factors are R2 and R3. Colored potato R2R3-MYB transcription factor gene was differentially expressed in different periods, among which 10 were up-regulated and 5 were down-regulated. According to the analysis of GO enrichment, 6 transcription factors of R2R3-MYB related to anthocyanin were annotated. This study will provide a reference for further study on the biological function and metabolic regulation mechanism of MYB gene related to anthocyanin synthesis in color potato.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».