Genome evolution and early introductions of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Mexico
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT A new variant of SARS-CoV-2 Omicron (Pango lineage designation B.1.1.529), was first reported to the World Health Organization (WHO) by South African health authorities on November 24, 2021. The Omicron variant possesses numerous mutations associated with increased transmissibility and immune escape properties. In November 2021, Mexican authorities reported Omicron’s presence in the country. In this study, we infer the first introductory events of Omicron and the impact that human mobility can have on the spread of the virus. We also evaluated the adaptive evolutionary processes in Mexican SARS-CoV-2 genomes during the first month of circulation of Omicron. We infer 173 introduction events of Omicron in Mexico in the first two months of detection; subsequently, of the introductions, there was an increase in the prevalence for January. This higher prevalence of the novel variant results in a peak of cases reported, on average, six weeks after a higher mobility trend was reported. The peak of cases reported is due to the BA.1.1 Omicron sub-lineage dominated, followed by BA.1 and BA.15 sub-lineages in the country from January to February 2022. Additionally, we identified the presence of diversifying natural selection in the genomes of Omicron and found mainly five non-synonymous mutations in the RDB domain of the Spike protein, all of them related to evasion of the immune response. In contrast, the other proteins in the genome are highly conserved—however, there are homoplasies mutations in non-structural proteins, indicating a parallel evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».