Identification of Homozygous Regions With Adverse Effects on the Five Economic Traits of Duroc Pigs
Notice bibliographique
Résumé
Runs of homozygosity (ROH) are widely used to estimate genomic inbreeding, which is linked to inbreeding depression on phenotypes. However, the adverse effects of specific homozygous regions on phenotypic characteristics are rarely studied in livestock. In this study, the 50 K SNP data of 3,770 S21 Duroc (American origin) and 2,096 S22 Duroc (Canadian origin) pigs were used to investigate the harmful ROH regions on five economic traits. The results showed that the two Duroc lines had different numbers and distributions of unfavorable ROHs, which may be related to the different selection directions and intensities between the two lines. A total of 114 and 58 ROH segments were found with significant adverse effects on the economic traits of S21 and S22 pigs, respectively. Serval pleiotropic ROHs were detected to reduce two or multiple phenotypic performances in two Duroc populations. Candidate genes in these shared regions were mainly related to growth, fertility, immunity, and fat deposition. We also observed that some ROH genotypes may cause opposite effects on different traits. This study not only enhances our understanding of the adverse effects of ROH on phenotypes, but also indicates that ROH information could be incorporated into breeding programs to estimate and control the detrimental effects of homozygous regions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».