Sequencing and Detection of Two Missense Variants at Chromosome 7 as Potential Azole Resistance Markers in Saccharomyces Cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Widespread practices of over-prescribing antibiotic, antiviral, and antifungal drugs have sparked concern over the risk of antimicrobial resistance arising in bacterial, viral, and fungal pathogens. This risk threatens to jeopardize the efficacy of many drugs being prescribed today for said infections. Azoles are a major class of antifungal drugs, presenting the need for research efforts on mechanisms of azole resistance. My objective was to perform the genomic sequencing and variant profiling of a Baker’s Yeast (Saccharomyces cerevisiae) strain that displays resistance phenotype when plated with Clotrimazole, a type of azole antifungal. Methods: Through short-read genomic sequencing and subsequent variant calling, putative antifungal resistance genotypes were elucidated in a clotrimazole-resistant yeast strain. Results: Variant calls at the PDR1 and ERG25 loci reveal two potential Clotrimazole-resistance genotypes. Discussion: These variants are both missense mutations involving a single-nucleotide change to the reference genomic loci in question. Although PDR1 variants are putative markers of azole resistance in yeast, the emergence of a novel ERG25 variant that may contribute to this phenotype has not yet been. Conclusion: Follow-up experiments will need to include induced missense mutations at the ERG25 loci and selection assays to confirm that the described variants described here indeed constitute azole resistance. Establishing a knowledgebase of resistance marker genes and putative resistance variants for model organisms such as Saccharomyces cerevisiae can guide investigations into orthologous proteins in other species that may become responsible for future antifungal-resistant infections.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».