Euchromatin factors HULC and Set1C affect heterochromatin organization and mating-type switching in fission yeast <i>Schizosaccharomyces pombe</i>
Notice bibliographique
Résumé
Mating-type (P or M) of fission yeast Schizosaccharomyces pombe is determined by the transcriptionally active mat1 cassette and is switched by gene conversion using a donor, either mat2 or mat3, located in an adjacent heterochromatin region (mating-type switching; MTS). In the switching process, heterochromatic donors of genetic information are selected based on the P or M cell type and on the action of two recombination enhancers, SRE2 promoting the use of mat2-P and SRE3 promoting the use of mat3-M, leading to replacement of the content of the expressed mat1 cassette. Recently, we found that the histone H3K4 methyltransferase complex Set1C participates in donor selection, raising the question of how a complex best known for its effects in euchromatin controls recombination in heterochromatin. Here, we report that the histone H2BK119 ubiquitin ligase complex HULC functions with Set1C in MTS, as mutants in the shf1, brl1, brl2 and rad6 genes showed defects similar to Set1C mutants and belonged to the same epistasis group as set1Δ. Moreover, using H3K4R and H2BK119R histone mutants and a Set1-Y897A catalytic mutant, we found that ubiquitylation of histone H2BK119 by HULC and methylation of histone H3K4 by Set1C are functionally coupled in MTS. Cell-type biases in MTS in these mutants suggested that HULC and Set1C inhibit the use of the SRE3 recombination enhancer in M cells, thus favoring SRE2 and mat2-P. Consistent with this, imbalanced switching in the mutants was traced to compromised association of the directionality factor Swi6 with the recombination enhancers in M cells. Based on their known effects at other chromosomal locations, we speculate that HULC and Set1C control nucleosome mobility and strand invasion near the SRE elements. In addition, we uncovered distinct effects of HULC and Set1C on histone H3K9 methylation and gene silencing, consistent with additional functions in the heterochromatic domain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».