Amyloidogenicity assessment of transthyretin gene variants
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Hereditary transthyretin-mediated amyloidosis is a treatable condition caused by amyloidogenic variants in the transthyretin-gene resulting in severe peripheral neuropathy or cardiomyopathy. Only about a third of over 130 known variants are clearly pathogenic, most are classified as variants of uncertain significance. A clear delineation of these into pathogenic or non-pathogenic is highly desirable but hampered by low frequency and penetrance. We thus sought to characterize their amylogenic potential by an unbiased in vitro approach. METHODS: Thioflavin T and turbidity assays were used to compare the potential of mammalian cell expressed wt-transthyretin and 12 variant proteins (either variants of uncertain significance, benign, pathogenic) to aggregate and produce amyloid fibrils in vitro. As proof of principle, the assays were applied to transthyretin-Ala65Val, a variant that was newly detected in a family with peripheral neuropathy and amyloid deposits in biopsies. In silico analysis was performed to compare the position of the benign and pathogenic variants. RESULTS: Transthyretin-Ala65Val showed a significantly higher amyloidogenic potential than wt-transthyretin, in both turbidity- and Thioflavin T-assays, comparable to known pathogenic variants. The other eight tested variants did not show an increased amyloidogenic potential. In silico structural analysis further confirmed differences between pathogenic and benign variants in position and interactions. INTERPRETATION: We propose a biochemical approach to assess amyloidogenic potential of transthyretin variants. As exemplified by transthyretin-Ala65Val, data of three assays together with histopathology clearly demonstrates its amyloidogenicity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».