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Enregistrement W4289261182 · doi:10.1101/2022.07.31.22277301

The Blood Proteome of Imminent Lung Cancer Diagnosis

2022· preprint· en· W4289261182 sur OpenAlexaff
Demetrius Albanes, Karine Alcala, Nicolas Alcala, Christopher I. Amos, Alan A. Arslan, Julie K. Bassett, Paul E. Brennan, Qiuyin Cai, Chu Chen, Xiaoshuang Feng, Neal D. Freedman, Florence Guida, Kristian Hveem, Mikael Johansson, Mattias Johansson, Woon‐Puay Koh, Arnulf Langhammer, Roger L. Milne, David C. Muller, Justina Ucheojor Onwuka, Elin Pettersen Sørgjerd, Hilary A. Robbins, Howard D. Sesso, Gianluca Severi, Xiao‐Ou Shu, Sabina Sieri, Karl Smith-Byrne, Victoria L. Stevens, Lesley Tinker, Anne Tjønneland, Kala Visvanathan, Ying Wang, Renwei Wang, Stephanie J. Weinstein, Jian‐Min Yuan, Hana Zahed, Xuehong Zhang, Wei Zheng

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLung Cancer Research Studies
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstitutePublic Health OntarioUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCancer Research UKInstitut National Du CancerFondation ARC pour la Recherche sur le CancerCentre International de Recherche sur le CancerWorld Health Organization
Mots-clésLung cancerCancerMedicineInternal medicineMetastasisOncologyBiomarkerOdds ratioLungChemokinePathologyImmunologyInflammationBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Identification of novel risk biomarkers may enhance early detection of smoking-related lung cancer. We measured 1,162 proteins in blood samples drawn at most three years before diagnosis in 731 smoking-matched case-control sets nested within six prospective cohorts from the US, Europe, Singapore, and Australia. We identified 36 proteins with replicable associations with risk of imminent lung cancer diagnosis (all p<4×10 -5 ). These included several documented tumor markers (e.g. CA-125/MUC-16 and CEACAM5/CEA) but most had not been previously reported. The 36 proteins included several growth factors (e.g. HGF, IGFBP-1, IGFP-2), tumor necrosis factor-receptors (e.g. TNFRSF6B, TNFRSF13B), and chemokines and cytokines (e.g. CXL17, GDF-15, SCF). The odds ratio per standard deviation ranged from 1.31 for IGFBP-1 (95% CI: 1.17-1.47) to 2.43 for CEACAM5 (95% CI: 2.04-2.89). We mapped the 36 proteins to the hallmarks of cancer and found that proliferative signaling, tumor-promoting inflammation, and activation of invasion and metastasis were most frequently implicated. Statement of significance After screening 1,162 proteins, we identified 36 markers of imminent smoking-related lung cancer diagnosis with a wide range of functions and relevance across the hallmarks of cancer. Forthcoming studies will address the extent to which these markers can discriminate future lung cancer cases and their utility for early detection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,224
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,378
Écart entre enseignants0,349 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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