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Enregistrement W4289520811 · doi:10.1099/ijsem.0.005457

Pseudovibrio flavus sp. nov. isolated from the sea sponge Verongula gigantea

2022· article· en· W4289520811 sur OpenAlexaff
Stacey R. Goldberg, Bradley Haltli, Hebelin Correa, Russell G. Kerr

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensNautilus Biosciences (Canada)University of Prince Edward Island
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiology16S ribosomal RNAPhylogenetic treeAlphaproteobacteriaBotanygenomic DNAGenusStrain (injury)Ribosomal RNACladeMonophylyGeneMicrobiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A Gram-negative, motile, rod-shaped marine bacterium, designated RKSG542 T , was isolated from the sea sponge Verongula gigantea collected at a depth of 20 m off the west coast of San Salvador, The Bahamas. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene and genome sequences place RKSG542 T in a monophyletic clade with members of the genus Pseudovibrio . Strain RKSG542 T shared <96.7 % 16S rRNA gene sequence similarity,<72.2 % average nucleotide identity,<66.7 % average amino acid identity, and <24.8 % digital DNA–DNA hybridization with type strains of the family Stappiaceae . Growth occurred at 22–37 °C (22–30 °C optimum), at pH 7–9 (pH 7 optimum), and with 0.5–5 % (w/v) NaCl (2 % optimum). The predominant fatty acids (>10 %) were summed feature 8 (C 18 : 1 ω 6 c and/or C 18 : 1 ω 7 c ), C 18 : 0 and C 16 : 0 , and the respiratory lipoquinone was Q-10. The polar lipid composition comprised phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol, three unknown aminolipids, six unknown phospholipids and four unknown lipids. The DNA G+C content of the genome sequence was 52.5 mol%. Based on the results of biochemical, phylogenetic and genomic analyses, RKSG542 T (=TSD-76 T =LMG 29867 T ) is presented here as the type strain of a novel species within the genus Pseudovibrio (family Stappiaceae , order Hyphomicrobiales , class Alphaproteobacteria ), for which the name Pseudovibrio flavus sp. nov. is proposed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,915
Score d'incertitude au seuil0,379

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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