Shifting gears: Id3 enables recruitment of E proteins to new targets during T cell development and differentiation
Notice bibliographique
Résumé
Shifting levels of E proteins and Id factors are pivotal in T cell commitment and differentiation, both in the thymus and in the periphery. Id2 and Id3 are two different factors that prevent E proteins from binding to their target gene cis-regulatory sequences and inducing gene expression. Although they use the same mechanism to suppress E protein activity, Id2 and Id3 play very different roles in T cell development and CD4 T cell differentiation. Id2 imposes an irreversible choice in early T cell precursors between innate and adaptive lineages, which can be thought of as a railway switch that directs T cells down one path or another. By contrast, Id3 acts in a transient fashion downstream of extracellular signals such as T cell receptor (TCR) signaling. TCR-dependent Id3 upregulation results in the dislodging of E proteins from their target sites while chromatin remodeling occurs. After the cessation of Id3 expression, E proteins can reassemble in the context of a new genomic landscape and molecular context that allows induction of different E protein target genes. To describe this mode of action, we have developed the "Clutch" model of differentiation. In this model, Id3 upregulation in response to TCR signaling acts as a clutch that stops E protein activity ("clutch in") long enough to allow shifting of the genomic landscape into a different "gear", resulting in accessibility to different E protein target genes once Id3 decreases ("clutch out") and E proteins can form new complexes on the DNA. While TCR signal strength and cytokine signaling play a role in both peripheral and thymic lineage decisions, the remodeling of chromatin and E protein target genes appears to be more heavily influenced by the cytokine milieu in the periphery, whereas the outcome of Id3 activity during T cell development in the thymus appears to depend more on the TCR signal strength. Thus, while the Clutch model applies to both CD4 T cell differentiation and T cell developmental transitions within the thymus, changes in chromatin accessibility are modulated by biased inputs in these different environments. New emerging technologies should enable a better understanding of the molecular events that happen during these transitions, and how they fit into the gene regulatory networks that drive T cell development and differentiation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».