Transcriptome Response of Cannabis ( <i>Cannabis sativa</i> L.) to the Pathogenic fungus <i>Golovinomyces ambrosiae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Powdery mildew (PM), caused by the obligate biotrophic fungus Golovinomyces ambrosiae , is an economically important fungal disease of hemp - and marijuana–type cannabis. While the PM disease can be managed effectively by cultivating resistant hosts, there is no known PM-resistant genetic variant. This is the first report of transcript level responses of the hemp cultivar ‘X59’ to G. ambrosiae . Transcript level changes at 5-, 8-, and 11-days post-inoculation (DPI) of C. sativa were evaluated against uninoculated control. Our analysis revealed that 1,898 genes were significantly ( q -value < 0.05) differentially expressed (DE) following the pathogen challenge. Among these, 910 and 988 genes were upregulated and downregulated, respectively as the infection progressed to 11 DPI. Genes related to salicylic acid (SA), (LOC115715124 and LOC115711424) and WRKY transcription factor (LOC115707546, LOC115715968, and LOC115707511) were highly upregulated. There were 45 DEGs that were homologous to PM-related genes, including chitin elicitor receptor kinase 1 ( CERK 1 ), enhanced disease resistance 2, ( EDR2 ), and powdery mildew resistance ( PMR ) genes. Moreover, the genes related to glycosyl hydrolases, particularly LOC115699396, LOC115708023, LOC115710105, and LOC115710100, were highly upregulated and potentially important in mediating pathogen responses. Collectively, this study has contributed to an enhanced understanding of the molecular mechanisms that are involved in cannabis and PM disease interaction and has identified several gene candidates that can be further investigated for their role in defence mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».