Epigenome-wide Association Study Analysis of Calorie Restriction in Humans, CALERIETM Trial Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Calorie restriction (CR) increases healthy life span and is accompanied by slowing or reversal of aging-associated DNA methylation (DNAm) changes in animal models. In the Comprehensive Assessment of Long-term Effects of Reducing Intake of Energy (CALERIETM) human trial, we evaluated associations of CR and changes in whole-blood DNAm. CALERIETM randomized 220 healthy, nonobese adults in a 2:1 allocation to 2 years of CR or ad libitum (AL) diet. The average CR in the treatment group through 24 months of follow-up was 12%. Whole blood (baseline, 12, and 24 months) DNAm profiles were measured. Epigenome-wide association study (EWAS) analysis tested CR-induced changes from baseline to 12 and 24 months in the n = 197 participants with available DNAm data. CR treatment was not associated with epigenome-wide significant (false discovery rate [FDR] < 0.05) DNAm changes at the individual-CpG-site level. Secondary analysis of sets of CpG sites identified in published EWAS revealed that CR induced DNAm changes opposite to those associated with higher body mass index and cigarette smoking (p < .003 at 12- and 24-month follow-ups). In contrast, CR altered DNAm at chronological-age-associated CpG sites in the direction of older age (p < .003 at 12- and 24-month follow-ups). Although individual CpG site DNAm changes in response to CR were not identified, analyses of sets CpGs identified in prior EWAS revealed CR-induced changes to blood DNAm. Altered CpG sets were enriched for insulin production, glucose tolerance, inflammation, and DNA-binding and DNA-regulation pathways, several of which are known to be modified by CR. DNAm changes may contribute to CR effects on aging.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».