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Enregistrement W4292136237 · doi:10.1016/j.jaci.2022.08.004

Aberrant T-cell exhaustion in severe combined immunodeficiency survivors with poor T-cell reconstitution after transplantation

2022· article· en· W4292136237 sur OpenAlexafffund
Roxane Labrosse, Inès Boufaied, Benoîte Bourdin, Saideep Gona, Haley E. Randolph, Brent R. Logan, Sara Bourbonnais, Chloé Berthe, Wendy Chan, Rebecca H. Buckley, Roberta Parrott, Geoff D.E. Cuvelier, Neena Kapoor, Sharat Chandra, Blachy J. Dávila Saldaña, Hesham Eissa, Fred Goldman, Jennifer Heimall, Richard J. O’Reilly, Sonali Chaudhury, E. Anders Kolb, Shalini Shenoy, Linda M. Griffith, Michael A. Pulsipher, Donald B. Kohn, Luigi D. Notarangelo, Sung‐Yun Pai, Morton J. Cowan, Christopher C. Dvorak, Élie Haddad, Jennifer M. Puck, Luis B. Barreiro, Hélène Decaluwe

Notice bibliographique

RevueJournal of Allergy and Clinical Immunology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensCancerCare ManitobaUniversity of ManitobaCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Center for Advancing Translational SciencesHealth Resources and Services AdministrationNational Institutes of HealthOffice of Naval ResearchJazz PharmaceuticalsRare Diseases Clinical Research NetworkCanadian Institutes of Health ResearchOmeros CorporationAlexion PharmaceuticalsInvitaeSt. Baldrick's FoundationEli Lilly and Company
Mots-clésImmunodeficiencyTransplantationSevere combined immunodeficiencyMedicineIntensive care medicineImmunologyBiologyInternal medicineImmune systemGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Severe combined immunodeficiency (SCID) comprises rare inherited disorders of immunity that require definitive treatment through hematopoietic cell transplantation (HCT) or gene therapy for survival. Despite successes of allogeneic HCT, many SCID patients experience incomplete immune reconstitution, persistent T-cell lymphopenia, and poor long-term outcomes. Objective We hypothesized that CD4 + T-cell lymphopenia could be associated with a state of T-cell exhaustion in previously transplanted SCID patients. Methods We analyzed markers of exhaustion in blood samples from 61 SCID patients at a median of 10.4 years after HCT. Results Compared to post-HCT SCID patients with normal CD4 + T-cell counts, those with poor T-cell reconstitution showed lower frequency of naive CD45RA + /CCR7 + T cells, recent thymic emigrants, and TCR excision circles. They also had a restricted TCR repertoire, increased expression of inhibitory receptors (PD-1, 2B4, CD160, BTLA, CTLA-4), and increased activation markers (HLA-DR, perforin) on their total and naive CD8 + T cells, suggesting T-cell exhaustion and aberrant activation, respectively. The exhaustion score of CD8 + T cells was inversely correlated with CD4 + T-cell count, recent thymic emigrants, TCR excision circles, and TCR diversity. Exhaustion scores were higher among recipients of unconditioned HCT, especially when further in time from HCT. Patients with fewer CD4 + T cells showed a transcriptional signature of exhaustion. Conclusions Recipients of unconditioned HCT for SCID may develop late post-HCT T-cell exhaustion as a result of diminished production of T-lineage cells. Elevated expression of inhibitory receptors on their T cells may be a biomarker of poor long-term T-cell reconstitution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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