Tumor Cell Extrinsic Synaptogyrin 3 Expression as a Diagnostic and Prognostic Biomarker in Head and Neck Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Over 70% of oropharyngeal head and neck squamous cell carcinoma (HNSC) cases in the United States are positive for human papillomavirus (HPV) yet biomarkers for stratifying oropharyngeal HNSC patient risk are limited. We used immunogenomics to identify differentially expressed genes in immune cells of HPV(+) and HPV(−) squamous carcinomas. Candidate genes were tested in clinical specimens using both qRT-PCR and IHC and validated by IHC using the Carolina Head and Neck Cancer Study tissue microarray of HNSC cases. We performed multiplex immunofluorescent staining to confirm expression within the immune cells of HPV(+) tumors, ROC curve analyses, and assessed survival outcomes. The neuronal gene Synaptogyrin-3 (SYNGR3) is robustly expressed in immune cells of HPV(+) squamous cancers. Multiplex immunostaining and single-cell RNA sequencing analyses confirmed SYNGR3 expression in T cells, but also unexpectedly in B cells of HPV(+) tumors. ROC curve analyses revealed that combining SYNGR3 and p16 provides more sensitivity and specificity for HPV detection compared with p16 IHC alone. Patients with SYNGR3-high HNSC have significantly better prognosis with 5-year OS and DSS rates of 60% and 71%, respectively. Moreover, combining p16 localization and SYNGR3 expression can further risk stratify HPV(+) patients such that high cytoplasmic, low nuclear p16 do significantly worse (HR, 8.6; P = 0.032) compared with patients with high cytoplasmic, high nuclear p16. SYNGR3 expression in T and B cells is associated with HPV status and enhanced survival outcomes of patients with HNSC. Significance: These findings indicate that codetection of SYNGR3 in immune cells and p16 in tumor cells by IHC can more reliably identify the HPV(+) subgroup of patients with low-risk head and neck cancer that may be appropriate for clinical trials involving treatment deescalation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».