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Enregistrement W4292228089 · doi:10.1101/2022.08.17.504304

Human fetal cerebellar cell atlas informs medulloblastoma origin and oncogenesis

2022· preprint· en· W4292228089 sur OpenAlexaff
Zaili Luo, Mingyang Xia, Chuntao Zhao, Jiajia Wang, Dazhuan Xin, Xinran Dong, Yu Xiong, Feng Zhang, Kalen Berry, Sean Ogurek, Xuezhao Liu, Rohit Rao, Rui Xing, Lai Man Natalie Wu, Siying Cui, Lingli Xu, Yifeng Lin, Wenkun Ma, Shuaiwei Tian, Qi Xie, Li Zhang, Mei Xin, Xiaotao Wang, Feng Yue, Haizi Zheng, Yaping Liu, Charles B. Stevenson, Peter de Blank, John P. Perentesis, Richard J. Gilbertson, Jie Ma, Hao Li, Wenhao Zhou, Michael D. Taylor, Q. Richard Lu

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedulloblastomaBiologyProgenitor cellNeural stem cellCarcinogenesisCancer researchProgenitorStem cellChromatinGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Medulloblastoma (MB) is the most common malignant childhood brain tumor 1,2 , yet the origin of the most aggressive subgroup-3 form remains elusive, impeding development of effective targeted treatments. Previous analyses of mouse cerebella 3,4 or human counterparts from frozen tissue nuclei 5 have not fully defined the compositional heterogeneity of MBs. Here, we undertook an unprecedented single-cell profiling of freshly-isolated human fetal cerebella to establish a reference map delineating hierarchical cellular states in MBs. We identified a unique transitional cerebellar progenitor connecting neural stem cells to neuronal lineages in developing fetal cerebella. Intersectional analysis revealed that the transitional progenitors were enriched in aggressive MB subgroups, including group-3 and metastatic tumors. Single-cell multi-omics revealed underlying regulatory networks in the transitional progenitor populations, including transcriptional determinants HNRNPH1 and SOX11, which are correlated with clinical prognosis in group-3 MBs. Genomic and Hi-C profiling identified de novo long-range chromatin-loops juxtaposing HNRNPH1/SOX11-targeted super-enhancers to cis -regulatory elements of MYC, an oncogenic driver for group-3 MBs. Targeting the transitional progenitor regulators inhibited MYC expression and MYC-driven group-3 MB growth. Our integrated single-cell atlases of human fetal cerebella and MBs reveal potential cell populations predisposed to transformation and regulatory circuitries underlying tumor cell states and oncogenesis, highlighting hitherto unrecognized transitional progenitor intermediates predictive of disease prognosis and potential therapeutic vulnerabilities.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,089
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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