Identification of divergent botulinum neurotoxin homologs in <i>Paeniclostridium ghonii</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the most potent family of toxins known to science. Bioinformatic studies in recent years have revealed that they are members of a broader toxin family, with an increasing number of divergent homologs identified in genomes of organisms outside of the Clostridium genus. Here, we report the identification of two putative divergent BoNT-like homologs in the genomes of two strains of Paeniclostridium ghonii . We designated them PG-toxin 1 (PGT1) and PG-toxin 2 (PGT2), which share ~54% protein sequence identity. Unlike any other known BoNT homologs, PGT1 and PGT2 are composed of two separate subunits encoded on two neighboring genes: one encoding the protease domain (light chain, LC) with a conserved HExxH motif, and the second encoding the heavy-chain (HC) containing the putative translocation domain and receptor-binding domain. Phylogenetic analysis of both the LC and HC reveal that it is a divergent member of the lineage of BoNT that also includes BoNT/X, BoNT/En and the insecticidal PMP1. The gene clusters harboring PGT1 and PGT2 also include a putative insecticidal delta-endotoxin, Cry8Ea1, as well as putative endolysin and bacteriocin genes that may facilitate lytic toxin secretion, suggesting a possibility that this gene cluster might serve an insecticidal purpose.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».