Phylogenomic analysis of 997 nuclear genes reveals the need for extensive generic re-delimitation in Caesalpinioideae (Leguminosae)
Notice bibliographique
Résumé
Subfamily Caesalpinioideae with ca. 4,600 species in 152 genera is the second-largest subfamily of legumes (Leguminosae) and forms an ecologically and economically important group of trees, shrubs and lianas with a pantropical distribution. Despite major advances in the last few decades towards aligning genera with clades across Caesalpinioideae, generic delimitation remains in a state of considerable flux, especially across the mimosoid clade. We test the monophyly of genera across Caesalpinioideae via phylogenomic analysis of 997 nuclear genes sequenced via targeted enrichment (Hybseq) for 420 species and 147 of the 152 genera currently recognised in the subfamily. We show that 22 genera are non-monophyletic or nested in other genera and that non-monophyly is concentrated in the mimosoid clade where ca. 25% of the 90 genera are found to be non-monophyletic. We suggest two main reasons for this pervasive generic non-monophyly: (i) extensive morphological homoplasy that we document here for a handful of important traits and, particularly, the repeated evolution of distinctive fruit types that were historically emphasised in delimiting genera and (ii) this is an artefact of the lack of pantropical taxonomic syntheses and sampling in previous phylogenies and the consequent failure to identify clades that span the Old World and New World or conversely amphi-Atlantic genera that are non-monophyletic, both of which are critical for delimiting genera across this large pantropical clade. Finally, we discuss taxon delimitation in the phylogenomic era and especially how assessing patterns of gene tree conflict can provide additional insights into generic delimitation. This new phylogenomic framework provides the foundations for a series of papers reclassifying genera that are presented here in Advances in Legume Systematics (ALS) 14 Part 1, for establishing a new higher-level phylogenetic tribal and clade-based classification of Caesalpinioideae that is the focus of ALS14 Part 2 and for downstream analyses of evolutionary diversification and biogeography of this important group of legumes which are presented elsewhere.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».