Characteristics of polymerase chain reaction–positive syphilis cases in Manitoba, Canada, 2017 to 2020: Demographic analysis, specimen types, and <i>Treponema pallidum</i> gene targets
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A resurgence of syphilis infections has been described in a number of countries including Canada in the last decade. METHODS: This study identified polymerase chain reaction (PCR) positive syphilis cases based on detection of Treponema pallidum genes ( polA, tpp47, and bmp) in 3,350 clinical specimens obtained from patients in the province of Manitoba, Canada between 2017 and 2020. Patient demographics were obtained from specimen requisition forms. RESULTS: PCR identified 740 syphilis cases: 718 were adolescents and adults, while 22 were congenital syphilis cases. For non-congenital syphilis investigation, the clinical specimens with the highest yield of positive PCR results were genital (632), oral (73), and anal (55), while for congenital syphilis, they were nasal or nasopharyngeal secretions (20), followed by blood (5) and umbilical cord (4). Female syphilis cases appeared younger (61.7% between 14 and 29 years), while male syphilis cases appeared older (58.4% between 30 and 65 years). Although, overall more syphilis cases (62.7%) occurred in the urban cities; the proportion of urban cases showed a significant decline from 87.0% in 2017 to 55.6% in 2020, while in rural regions it increased from 13.0% in 2017 to 44.4% in 2020. Most (98.8%) PCR- positive specimens were found to contain all three T. pallidum genes and 99.8% also displayed the macrolide resistance genotype. CONCLUSIONS: This study identified the clinical specimen types and T. pallidum genes most suitable for PCR diagnosis of syphilis. Changing demographics of cases were noted over time.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».